Man wählt links in der Auswahlliste das gewünschte Atom aus und klickt zum Platzieren mit links in den großen, schwarzen Bereich. Per Rechtsklick löscht man Atome. Verbindungen zwischen Atomen erhält man, wenn man auf ein Atom klickt und mit gedrückter Maustaste bis zum zweiten Atom die Bindung zieht.

Wichtig ist vor dem Abspeichern, dass man im Menü unter „Extensions“ mit „Optimize Geometry“ die räumliche Anordnung optimiert. Hierdurch werden unter anderem die Winkel zwischen Atombindungen korrekt eingestellt.

Beim Abspeichern unter „File“, „Save As…“ muss unter „Save as filetype“ bzw. „Dateityp“ unbedingt PDB ausgewählt werden!

Im folgenden Film wird das Wassermolekül in Avogadro erstellt, optimiert und als PDB abgespeichert: